一点个人想法，欢迎斧正：
卡片笔记的“原子隐喻”相当不贴切，但却似乎是中文互联网谈及卡片笔记时的主流。
所谓“原子化”，或曰“将每一则笔记拆分为最小思维单位”，存在解释力的问题。什么是“最小思维单位”？如果说A命题是B命题+C命题的结论，那么在原子隐喻下，A命题很难说是不可再分的（因此也就无法成为一则卡片笔记了），BC才是（甚至BC也不一定是）。
相比之下，"黑箱隐喻"更加贴切。ABC都是黑箱，只不过BC是比A更深一层的黑箱。卡片笔记的本质不是“把思想拆分为（所谓的）元观点，从而重新组合”，而是“把经论证的观点封装为黑箱，以便再次调用”。